在游戏中，整个世界称为“CODE AGE(代码世纪)”，在世界的中心存在着被视为这个世界的万物之源的“CENTRAL CODE”，它每过一万年就会发生叫做“轮回”的现象，届时地面上的一切物质都将被消灭重新回到混沌的状态。生活在地面上的人们为了躲避灾难而建造了一艘方舟。但是“CENTRAL CODE”好象并不允许它的轮回被干扰，于是之方舟连同上面的人们一同被打入了黑暗的地下世界。
《代码世纪》是史克威尔艾尼克斯公司近期推出的一个大型系列作品。其覆盖面涉及游戏、动画、漫画等多个领域。目前其官方网站已经于4月4日开放，并且正式确认了游戏的首发作品《代码世纪指挥者——继承与被继承的人》将于2005年发售。此外，漫画版《代码世纪——最后落下的少女》也将于己本月开始正式连载。
本作中的主人公是乘坐方舟逃难的少年JIN。方舟坠落到黑暗世界之后，很快就和那里的魔物发生了冲突，JIN也不幸地被卷入其中。就在他奄奄一息濒临死亡的那一刻，一位神秘的战士挽救了他的生命，并使他转生成为了一种叫“WAR HEAD”的新生命。之后，为了寻找在失散的姐姐，JIN以新的姿态回到了战场，并在战争中不断地自我进化，最终成为一个超越人类的存在。
